— La cystite, ou quand l'infection nous vient des poulets

Récemment, enfin, nous avons montré, avec mon équipe, que les gènes du bacille de la peste pouvaient jouer les Hibematus en dormant tranquillement dans le sol, pendant plusieurs années. Certaines bouffées épidémiques de peste signalées à Madagascar pourraient donc trouver leur origine dans la cérémonie dite du retournement des morts (ou Famadihana). Tous les cinq ans, les défunts sont extraits de leurs sépultures, le temps d'une danse et d'une « conversation » amicale avec leurs descendants. Le bacille de la peste peut en profiter pour s'inviter à la fête et, bien vivant lui, contaminer les participants.

La cystite, ou quand l'infection nous vient des poulets

Très répandues de par le monde et touchant surtout les femmes, les infections urinaires ont longtemps été imputées au seul manque d'hygiène. Et puis, il y a quelques années, on s'est aperçu que l'on retrouvait chez des centaines de milliers de patientes la présence d'une bactérie résistant à l'antibiotique le plus couramment prescrit dans les cas d'infection urinaire. Les travaux d'analyse ont alors montré que cette bactérie présentait le même profil et, donc, avait la même souche, tout autour du monde. Nous voilà donc non plus seulement confrontés à un problème d'hygiène personnelle mais à une épidémie massive et mondialisée ! Cette énorme épidémie est pourtant longtemps passée inaperçue ; personne n'ayant soupçonné son existence et à plus forte raison son implication dans l'infection urinaire. Une fois la bactérie débusquée, les scientifiques se sont attelés à la découverte de son mode de transmission. Là encore, nous avons eu des surprises. L'hypothèse actuelle, en effet, est que cette épidémie prend sa source chez les poulets d'élevage. Leurs conditions de vie — entassés dans des espaces restreints — en font la cible idéale pour de nombreuses épidémies. Dans certains élevages, on a retrouvé jusqu'à 40 % de poulets infectés. Il est donc tout à fait probable qu'une grande partie des infections urinaires soit en fait le fruit d'une zoonose, contamination de l'animal à l'homme par contact direct, en l'occurrence par simple ingestion de la viande de poulet. Personne n'aurait pu penser spontanément cela. C'est pourquoi il faut toujours, en science, se garder des « évidences » et rester ouvert à toute nouvelle découverte, même et surtout si celle-ci va à l'encontre de ce qui est communément admis. Ce que l'on sait à un moment donné n'est jamais que le résultat d'une connaissance partielle. Beaucoup de choses nous échappent, et nous échapperont sûrement longtemps encore, dans le fonctionnement des micro-organismes.

Alimentation industrielle et globalisation du tube digestif

Les épidémies qui surviennent dans les élevages d'animaux ont donc le potentiel de déclencher secondairement des milliers, voire des millions d'infections par la consommation alimentaire et la colonisation du tube digestif. Pour les virus, il semble qu'il s'agisse d'un problème comparable. Ainsi, la source du nouveau virus de l'hépatite (l'hépatite E) dans les pays développés semble provenir de foies de porc intégrés dans des saucisses mal conservées ou mal cuites, ce qui a entraîné une véritable épidémie en Europe. Par ailleurs, le travail de Forest Rohwer a montré que le tube digestif humain comprenait un très grand nombre de virus de plantes. La source toutefois de ces virus de plantes était mal identifiée. Récemment, enfin, nous avons pu mettre en évidence que les produits industrialisés de type Tabasco étaient tous contaminés à un très haut niveau par le virus du piment, et nous avons montré qu'il existait un lien statistique entre la présence de ce virus à haut niveau (qui est toujours vivant et cultivable) et des signes cliniques dont la fièvre, le prurit et des douleurs abdominales. Dans ce travail, nous avons pu montrer que les produits industriels, par la mutualisation générale qu'ils induisaient, avaient un taux de contamination plus important que les produits locaux ou les produits de tradition semi-familiale. Ces éléments indiquent que nous sommes face à une globalisation d'une partie de la population du tube digestif, du fait de l'existence de produits industrialisés qui homogénéisent les micro-organismes que nous ingérons. Cette globalisation peut aussi être appelée épidémie quant elle favorise le succès foudroyant de la bactérie responsable de l'infection urinaire, comme nous l'avons vu ; et peut-être de microorganismes responsables de l'obésité, comme nous allons le voir plus loin.

Cependant, il faut se garder de trop rapidement conclure à une globalisation générale. Celle-ci ne concerne que ceux qui vivent dans des territoires gagnés par la mondialisation et qui consomment des produits industriels. Ceux qui restent aux marges de cette mondialisation présentent une population microbienne qui reste spécifique de l'aire dans laquelle ils vivent et où circulent des micro-organismes qui ne sont pas, pour l'instant, de distribution globale, telle qu'en Afrique.

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